消化内科是集医疗、教学和科研为一体的特色专科，以消化系统常见疾病、内镜检查、治疗为一体的科室，目前分为病区（其中包含胃肠组、胆胰组）及内窥镜室；胃肠组诊疗范围包括：食管疾病、急慢性胃炎、胃十二指肠溃疡、胃肠道早癌筛查、消化道出血、上消化道及结直肠息肉的内镜下治疗、炎症性肠病、急慢性腹泻、功能性胃肠病、便秘等各种消化系统疾病。胆胰组诊疗范围包括：胆总管结石、慢性胆囊炎、急性胆管炎、胆囊术后综合征、急慢性胰腺炎等消化系统疾病。内窥镜室：常规开展电子胃、肠镜检查、放大胃肠镜检查、小探头超声内镜检查、消化道息肉切除术、急诊内镜下止血、消化道异物取出、食道静脉曲张套扎术、胃底静脉曲张硬化、内镜下逆行性胰胆管造影（ERCP）胆管取石术、经内镜下粘膜剥离术（ESD）、胆、胰、食管、肠道支架置放术、食管狭窄扩张术等多项诊疗技术。

目前援疆专家1名，高级职称3人。硕士研究生2人。