兵团医院临床输血专业起始于1982年医院成立时血库，2009年发展成为独立建制的输血科，2011年成为兵团临床输血质量控制中心承担科室，2014年成为中华医学会临床输血分会会员单位。目前，在临床输血质量与安全、用血管理等方面处于兵团领先水平。
　   医院设有临床输血管理委员会，在输血科设有输血管理办公室，履行管理职责，落实卫计委对临床输血方面的法律、法规，制定本院临床输血的制度、规章，对临床输血全程进行监督检查并评价，并督促持续改进。

科室面积150平方米，拥有全自动血型（配血）鉴定仪、专用储血冰箱、显微镜、物流传输系统、计算机管理系统、储血冰箱温度连续监测系统等先进医疗设备。

输血科依据ISO15189建立了质量管理体系，有质量手册、程序文件、规章制度及职责、标准操作规程、工作记录表单，覆盖输血科工作的全过程，实现科室规范化管理。还建立有临床用血应急预案和紧急用血绿色通道以及危急值报告制度，可24小时给临床提供手术、抢救、治疗的血液供给服务。科室开展了室内质量控制，参加了卫计委临床检验中心的室间质量评价活动。同时也为临床、患者及家属提供有关输血方面的咨询服务。

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